Многие антибиотики оказывают отрицательное влияние на различные звенья иммунной системы, что вызывает необходимость назначать их очень осторожно. Например, левомицетин подавляет антителообразование, тетрациклин угнетает фагоцитоз, циклоспорин оказывает иммунодепрессивное действие на Т-систему.

Кроме непосредственного действия на иммунную систему, антибиотики при формировании иммунитета могут явиться причиной недостаточного антигенного воздействия микроорганизмов: в результате применения антибиотиков микроорганизмы погибают прежде, чем успевают выполнить свою антигенную функцию. Вследствие этого не вырабатывается полноценный иммунитет, что приводит к переходу заболевания в хроническую форму, возникновению реинфекций и рецидивов. Подобный эффект наблюдается при скарлатине, брюшном тифе и других заболеваниях.

Для профилактики данного осложнения используют сочетанное применение антибиотика и соответствующей вакцины. В результате действия антибиотика погибают возбудители заболевания, а действие вакцины приводит к формированию иммунитета.