При использовании антибиотиков широкого спектра погибают и некоторые представители нормальной микрофлоры, чувствительные к этим антибиотикам. Создаются благоприятные условия для роста бактерий, которые могут стать причиной вторичных эндогенных инфекций, как бактериальных, так и грибковых. Например, у больного стафилококковой пневмонией в результате антибиотекотерапии может развиться цистит, вызванный E. coli.

Проявлением дисбиоза может стать также кандидамикоз.

Подавление нормальной микрофлоры приводит к нарушению антагонизма с патогенными микробами, что может способствовать развитию различных заболеваний. Например, назначение антибиотиков, подавляющих E. Coli, делает организм более восприимчивым к дизентерии, холере, другим кишечным инфекциям.

Для предупреждения дисбиоза следует использовать антибиотики узкого спектра действия, а также совместно с их приемом назначать противогрибковые препараты. Для восстановления нормальной микрофлоры рекомендуется применять эубиотики.