Вирус, проникший в организм человека парентеральным путем, не во всех случаях обязательно вызывает развитие патологического процесса. Как и при других инфекциях, решающее значение в развитии болезни имеет состояние

макроорганизма, доза инфекта, патогенные свойства самого возбудителя и др.

Показано, например, что среди заразившихся в течении первых 5 лет заболевает 20 -30%, еще у 20% бывают слабые проявления болезни, остальные 50% живут в течении первых 5 лет без каких либо клинических проявлений, хотя у них всегда обнаруживается вирус в форменных элементах крови и в свободной циркуляции.

Патогенетической сущностью болезни является поражение вирусом СПИДа Т-лимфоцитов - хелперов. Попав в эти клетки, вирус может оставаться в латентном состоянии неопределенно длительно долгое время, обычно до тех пор пока в связи с какой-либо инфекцией не начнется иммунная стимуляция Т - лимфоцитов. Это приводит к активации вируса СПИДа, к его бурному размножению и повреждению Т-лимфоцитов вплоть до их полной гибели. Количество Т -лимфоцитов хелперов резко снижается, возникают необратимые изменения в системе клеточной регуляции иммунного ответа и человек остается беззащитным перед случайными, в том числе и «оппортунистическими», инфекциями, которые в обычных условиях бывают безвредными для организма.
 

Функциональный дефект иммунной системы проявляется не только неспособностью отвечать на антигенное раздражение инфекционными агентами, но также и неспособностью уничтожать опухолевые клетки. Поэтому течение болезни  будет определяться или характером возникающей эндогенной инфекции, или онкологическим процессом.

У умерших от СПИДА выявляются изменения, характерные для пневмоцистной пневмонии, сепсиса, саркомы Капоши.