Биологические загрязнения (конечные продукты обмена веществ живых организмов) появляются там, где присутствуют насекомые, грызуны, птицы. Особенно их наличие характерно для таких товаров, как мука, крупа, сухофрукты, конфеты, рыба, мех, шерсть, кожа.

Для предупреждения всех видов загрязнений в обязательном порядке ежедневно нужно производить визуальный контроль склада, постоянно осматривать товары, тару и тарные материалы, стены и полы, реагировать на посторонние запахи. Для профилактики присутствия различных насекомых и грызунов проводят дезинфекцию, дезинсекцию и дезодорацию хранилищ.