В ОС Windows 9x реестр хранится в двух файлах: System.dat и User.dat. Эти два файла находятся в папке с Windows. Если на данном компьютере несколько пользователей, то система создает несколько файлов User.dat.

В Windows NT (2000/XP) и Vista (Vista/7) есть специальный каталог SYSTEM32\CONFIG, хранящий в виде защищенных файлов разделы реестра.