Программные закладки можно классифицировать и по методу их внедрения в компьютерную систему.
 

• программно-аппаратные закладки, ассоциированные с аппаратными средствами компьютера.

Их средой обитания, как правило, является BIOS – набор программ, записанных в виде машинного кода в постоянном запоминающем устройстве – ПЗУ.
 

• загрузочные закладки, ассоциированные с программами начальной загрузки, которые располагаются в загрузочных секторах.

Из этих секторов в процессе выполнения начальной загрузки компьютер считывает программу, берущую на себя управление для последующей загрузки самой операционной системы.
 

• драйверные закладки, ассоциированные с драйверами.

Иначе говоря, с файлами, в которых содержится информация, необходимая операционной системе для управления подключенными к компьютеру периферийными устройствами.
 

• прикладные закладки, ассоциированные с прикладным программным обеспечением общего назначения (текстовые редакторы, утилиты, антивирусные мониторы и программные оболочки).

А также -

• исполняемые закладки, ассоциированные с исполняемыми программными модулями, содержащими код этой закладки (чаще всего эти модули представляют собой пакетные файлы, т.е. файлы, которые состоят из команд операционной системы, выполняемых одна за одной, как если бы их набирали на клавиатуре компьютера);

• закладки-имитаторы, интерфейс которых совпадает с интерфейсом некоторых служебных программ, требующих ввода конфиденциальной информации (паролей, криптографических ключей, номеров кредитных карточек);

• замаскированные закладки, которые маскируются под программные средства оптимизации работы компьютера (файловые архиваторы, дисковые дефрагментаторы) или под программы игрового и развлекательного назначения.