В 1943 году И. В. Сталиным было принято решение о восстановлении Патриаршего престола. 8 сентября этого же года в Москве состоялся Архиерейский собор (участвовало 19 епископов), на котором многолетний Местоблюститель Патриаршего престола митрополит Сергий (Старогородский) был избран Патриархом Московским и всея Руси.

В 1945 году после смерти Сергия Поместный Собор Русской Православной Церкви избрал Патриархом Московским и всея Руси Алексия I (в миру Сергей Владимирович Симанский).

При Патриархе Алексии I, в годы так называемой Хрущевской оттепели, борьба с Церковью опять усилилась. Уже к 1964 году Русская Православная Церковь лишилась двух третей приходов. Число священнослужителей сократилось в пять раз. Партийно-государственная власть СССР, подвергнув Церковь невиданным гонениям за веру, уже грезила о скорой и полной победе над ненавистным ей православием, тем более что эти гонения по своим масштабам, циничности, коварству и жестокости превосходили все, когда-либо выпадавшее на долю христиан.