Необходимо отметить, что осуществление чрезвычайных мер в деревне способствовало росту продовольственных сборов в основном за счёт центральных губерний. На окраинах страны (Донской регион, Украина) коэффициент полезного действия от данных нововведений оказался чрезвычайно низким, вызвав волну недовольства и массовые восстания. Крестьянство отказывалось поставлять необходимое количество хлеба в город. Прокатилась война крестьянских выступлений: на Украине очень широкую популярность завоёвывает движение анархистов (Н. Махно), в Западной Сибири восстала партизанская армия. Наиболее крупным выступлением стал мятеж в Тамбовской и ряде прилегающих к ней губерний (возглавил выступление А. С. Антонов, являвшийся членом партии эсеров). Красная Армия бросила против антоновцев свои лучшие силы под командованием талантливого командира М. Н. Тухачевского. Подавление восстания велось исключительно военными мерами с применением артиллерии и ядовитых газов, унеся 50 тысяч жизней с обеих сторон.

Апогеем недовольства стало восстание кронштадтских матросов, ранее поддерживавших большевиков. Матросы потребовали соблюдения прав и свобод, провозглашённых в октябре 1917 года, прекращение насильственных конфискаций и т.д. Несмотря на то, что большевикам удалось подавить восстание, оно стало для них настоящим шоком. Члены партийной верхушки осознали, что политика военного коммунизма исчерпала себя; в итоге большевики были вынуждены отступить, выработав новую экономическую политику.